В ботаническом собрании насчитывается более 31 000 единиц. Каждый год специалисты музея пополняют систематический гербарий растений Латвии. Значительна недавно созданная коллекция мхов Латвии, в которой представлены многие редкие и охраняемые виды мхов. Одновременно продолжается сбор гербария харофитовых водорослей. С 1988 года пополняется коллекция грибов Латвии (фунгарий), являющаяся одной из самых полных в Латвии.